ابتدأت الدراسات العليا بجامعة الخرطوم بدبلوم عالي في أمراض النساء والولادة بكلية الطب عام 1954 م , بينما تم تسجيل أول طالب لدرجة الماجستير بكلية الزراعة عام 1958 م , ثم بدأت الأعداد تتصاعد . في العام 1967 م
أن تكون جامعة الخرطوم رائدة في مجال تقديم دراسات وبرامج مميزة في مجال الدراسات العليا على مستوى القارة الأفريقية والمنطقة العربية، رابطةً ما تقدمه من برامج وبحوث بمتطلبات التنمية المستدامة وأن تساهم بالبحث العلمي لخلق الأمة السودانية المتطورة والمتقدمة.
تقديم برامج دراسات عليا وبحوث متنوعة في كل التخصصات والمجالات بجودة عالية وفقاً للمواصفات العالمية والقيم المرتكزة على التراث السوداني.